Modelling biological systems - 4PMBMIM2

Objectif(s)

Ce cours propose une introduction à la biologie des systèmes en mettant l'accent sur les comportements qui émergent des interactions entre les gènes, les protéines et les ARN, à travers des exemples allant des micro-organismes aux mammifères. L'objectif principal de ce cours est de montrer aux étudiants que des méthodes informatiques et mathématiques abstraites peuvent être efficacement mises à profit pour la modélisation et l'analyse in silico d'organismes vivants. De plus, afin de renforcer leurs compétences pratiques, les étudiants mettront en application certaines de ces techniques et outils logiciels pour analyser des modèles à l'échelle du génome ainsi que des modèles du métabolisme cellulaire et de l'expression génique.

Contenu(s)

CM1: Introduction to regulatory networks in biology  (EC)
CM2: ODE modelling of biochemical reaction / gene expression networks (EC)
TD1 (on computer): Simulation and analysis of example reaction networks (EC)
CM3: Constraint-based modelling of metabolic networks (DR)
CM4: Identification of network models  (EC)
TD2 (on computer): Implementation of identification methods and application to simulated data (EC)
CM5: Models of microbial growth in bioreactors (EC)
TD3 (on computer): Simulation of case studies of microbial growth in bioreactor and analysis of results (EC)

Pas de pré-requis

Contrôle des connaissances

Semestre 8 - L'examen existe uniquement en anglais 

Informations complémentaires

Semestre 8 - Le cours est donné uniquement en anglais